El Sureste de Nicaragua ha sido reconocido como una región que concentra una alta cantidad de biodiversidad en bosques húmedos, importantes recintos de desarrollo forestal y de fuentes de agua tanto superficiales como subterráneas. Estas áreas constituyen por su extensión, riqueza biológica y cultural, un tesoro ecológico de vital importancia para la consolidación del Corredor Biológico Mesoamericano.

En virtud del interés por conservar este territorio se promocionó en 1988 el Sistema Internacional de Areas Protegidas para la Paz entre Nicaragua y Costa Rica (SI-A-PAZ). Asimismo ha sido ratificada la importancia del área fronteriza el Sureste de Nicaragua en el Convenio para la Conservación de Biodiversidad y Protección de Áreas Silvestres Prioritarias en América Central, firmada por los presidentes centroamericanos en el año 1992 durante su XII cumbre.

Posteriormente el 30 de Mayo de 1999, a través del Decreto Presidencial 66 –99, “Actualización y Precisión de Categorías y Límites de la Áreas Protegidas ubicadas en el Sureste de Nicaragua” (), se conformó la "Reserva de Biosfera del Sureste de Nicaragua", integrada por las siete Áreas Protegidas:

Reconociendo que la protección y conservación de estas áreas no se puede dar de forma aislada sino que requiere del fomento de un desarrollo sostenible en las áreas colindantes se gestionó en 2003 la ampliación de la Reserva a 18,340 km² incluyendo Zonas de Amortiguamiento y de Transición. De esta manera se ajusta al modelo internacional y se integra a la red mundial del programa “El Hombre y la Biosfera” (Man and Biosphere, MAB) de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO).

Al mismo tiempo la Comisión Nacional de la Reserva de la Biosfera, decide cambiar el nombre a “Reserva de la Biosfera Río San Juan – Nicaragua”.